Berdasarkan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor 91/PERMEN-KP/2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Kelautan dan Perikanan menyatakan Pusat Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat sebagaimana dimaksud dalam Pasal 4 ayat (1) huruf h merupakan unsur pelaksana akademik mempunyai tugas melaksanakan dan mengoordinasikan kegiatan penelitian ilmiah murni dan terapan, pengabdian kepada masyarakat, pelaksanaan publikasi, peningkatan relevansi program penelitian dan pengabdian kepada masyarakat sesuai dengan kebutuhan masyarakat, dan pelaksanaan urusan administrasi pusat, serta evaluasi dan pelaporan yang dipimpin oleh kepala. Pusat Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat berada di bawah dan bertanggung jawab kepada direktur dan pembinaan secara teknis dilakukan oleh Wakil Direktur I