Berdasarkan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia Nomor 91/PERMEN-KP/2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Kelautan dan Perikanan menyatakan Satuan Pengawasan Internal sebagaimana dimaksud dalam Pasal 4 ayat (1) huruf e merupakan unsur pengawasan yang mempunyai tugas pengawasan nonakademik. SPI bertanggung jawab kepada direktur dan pembinaan secara teknis dilakukan oleh Wakil Direktur I, dipimpin oleh kepala.