Politeknik Kelautan dan Perikanan Kupang memiliki tujuan sebagai berikut:
- menyelenggarakan Pendidikan Vokasi untuk menghasilkan sumber daya manusia yang kompeten, memiliki semangat terus berkembang, berdaya saing tinggi, bermoral, berjiwa kewirausahaan dan berwawasan lingkungan, serta unggul di bidang industri kelautan dan perikanan dengan pendekatan teaching factory;
- melaksanakan penelitian terapan dan menyebarluaskan hasilnya untuk mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi bidang kelautan dan perikanan serta meningkatkan kesejahteraan masyarakat;
- melaksanakan kegiatan pengabdian kepada masyarakat melalui pemanfaatan ilmu pengetahuan dan teknologi untuk mendukung peningkatan mutu kehidupan;
- membangun jiwa kewirausahaan di kalangan Sivitas Akademika yang menumbuhkembangkan sektor industri bidang kelautan dan perikanan; dan
- mengembangkan program kemitraan dan kerja sama dengan dunia usaha dan dunia industri, masyarakat, pemangku kepentingan di dalam dan luar negeri.
